Le système aquifère de la Djeffara qui est essentiellement composé de formations d'âge Crétacé supérieur et Tertiaire est alimenté par l'importante nappe du Continental Intercalaire (CI) d'âge Crétacé inférieur via le faisceau de failles El Hamma, qui a joué en décrochement pendant le Crétacé supérieur. Dans la zone de communication entre le CI et la Djeffara, la circulation se produit le long des failles majeures qui bordent les grabens et les failles décrochantes majeures. Dans cette zone, le suivi de la différence de la charge hydraulique de la nappe du CI et celle de la Djeffara montre une diminution au cours des années. En fait, cette différence de charge passe de 144 m en 1959 à 107 m en 1974 pour atteindre à la fin des années 90 une valeur de 46 m. L'application du modèle de Darcy pour le calcul du débit d'échange entre les deux nappes indique une forte réduction de 3.6 m3/s en 1960 à 0.9 m3/s en 2002.
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