Le dysfonctionnement géochimique du chott de Ain El Beida a été mis en relief après l'observation de cette zone humide de décembre 2010 à mai 2011. Géologiquement, le fond, constitué de sables, d'évaporites et de matière organique non dégradée, est caractérisé par une grande variation latérale de faciès. Le faciès chimique des eaux est chloruré à chloruré sodique et potassique. Le pH, la salinité, la densité, l'alcalinité des eaux ainsi que les teneurs des ions majeurs montrent une évolution anormale durant la période d'observation; spatialement, ils mettent en évidence l'hétérogénéité des eaux du chott. Il s'agit d'un lac éphémère fortement influencé par l'action anthropique et très sensible aux variations des conditions climatiques. En effet, l'arrivage permanent des eaux usées et d'irrigation et l'alternance des périodes chaudes et froides sont à l'origine des arrêts récurrents de l'évaporation induisant le dysfonctionnement géochimique de cet écosystème classé zone humide des régions désertiques.
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