L'accent est mis sur la construction de programmes cohérents et intelligibles, décomposés en sous-programmes réutilisables. Les principales notions sont introduites de façon suffisamment générale, afin qu'elles puissent être transposées dans d'autres environnements, avec d'autres langages. La seconde partie du livre traite une série d'algorithmes utilisés en biologie (mais aussi dans d'autres disciplines telles que la linguistique ou les sciences humaines) : tri, recherche de mots dans un texte, pour continuer avec deux algorithmes non triviaux au fondement de la bioinformatique, Knuth-Morris-Pratt (KMP) et Needleman et Wunsch. La question des performances de ces algorithmes est étudiée, suivie d'introductions aux calculs statistiques élémentaires, aux automates finis et aux expressions régulières.
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