En se miniaturisant à l'intérieur d'un engin génial : la capsule aéroportée, nos explorateurs du vivant, Raphaël et le Professeur Folk, vont partir à la découverte du monde des bactéries qui grouillent dans notre environnement, mais aussi à l'intérieur de notre corps et notamment dans notre intestin. Celui-ci est colonisé par un véritable zoo bactérien. Cette découverte palpitante va éveiller la curiosité de notre héros, Raphaël, et l'aider à mieux comprendre le principe de notre alimentation : comment passe-t-on d'un simple épi de blé à la fabrication d'un yaourt ? Comment notre nourriture est-elle transformée pour fournir l'énergie dont nos cellules ont besoin pour bien faire fonctionner notre corps ?
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