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Pour illustrer l'importance du contexte cellulaire pour la réplication rétrovirale du VIH, deux paramètres ont été abordés: le premier concernait l'impact de modifications métaboliques des cellules cibles sur la résistance du VIH aux analogues de nucléosides; le second portait sur l'influence d'une structure particulière du VIH sur la restriction rétrovirale par des protéines cellulaires. La transcription inverse du VIH peut être affectée par l'activation, la différenciation ou la division cellulaire. L'hypothèse que des changements dans le cycle cellulaire pourraient également affecter la susceptibilité du VIH-1 aux analogues de nucléosides a été émise. Par ailleurs, les lentivirus utilisent deux séquences riches en purines pour initier la synthèse d'un brin de l'ADN viral. Nous avons examiné en quoi l'initiation au niveau du PPT central pouvait protéger le génome viral de l'édition par des protéines APOBEC. Ces travaux démontrent en quoi l'environnement cellulaire peut influer sur la réplication du VIH et la sélection de variants résistants et élucident une nouvelle stratégie virale nécessaire à la protection contre des facteurs antiviraux cellulaires.
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