The Foundations of Bioethics (1986) inscrit la bioéthique dans un cadre très large. L'auteur prend acte de l'impossibilité, dans les sociétés contemporaines, de parvenir à un consensus général en éthique : il n'existe pas de conceptions du monde rationnellement défendables, universellement recevables et dotées de contenu concret. Dans les sociétés laïques et pluralistes, les gens se rencontrent comme des étrangers moraux dont les valeurs et les normes diffèrent du tout au tout.
Sous la seule condition que la résolution des désaccords peut prendre une forme pacifique, Hugo Tristram Engelhardt, Jr distingue deux principes, différents mais complémentaires, qui permettent de reconstruire à nouveaux frais une bioéthique acceptable. Le principe d'autonomie met en avant la liberté, caractérisée non comme une valeur à promouvoir, mais comme une condition de possibilité de l'éthique.
Formel et d'application universelle, il proscrit l'usage de la violence, privée ou étatique, à l'encontre des choix innocents, c'est-à-dire des choix qui ne causent pas de préjudice aux personnes. Le principe de bienfaisance, fondé sur la sympathie et l'intérêt pris à la traduire en acte, indique à quelles conditions on peut ou doit faire le bien d'autrui. Concret, il ne peut se réaliser effectivement que dans le cadre de communautés diverses, avant tout des communautés de croyants, où il prend des formes elles-mêmes diverses, éventuellement aberrantes aux yeux des membres des autres communautés.
La bioéthique reconstruite sur ces fondements est parfois conforme au sens commun et à la sagesse immémoriale des médecins et des patients ; mais elle en diffère souvent de façon radicale, en particulier par l'accent mis sur l'autonomie des personnes, par opposition à la condition qui est celle des êtres humains.
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