Dans ce second volume nous étudions l'évolution des conceptions médicales d'Hahnemann (1755-1843) après la première édition de son Organon (1810). Elle est surtout marquée par les cinq nouvelles éditions remaniées de l'Organon et par la nouvelle doctrine qu'il expose dans les deux éditions (1828 et 1835) de son Traité des maladies chroniques. Après 1810 Hahnemann manifesta un spiritualisme de plus en plus exacerbé et une philosophie dynamique des substances corporelles, pharmaceutiques et miasmatiques. Nous révélons les sources historiques de sa doctrine des trois maladies chroniques et de son spiritualisme, en mettant au jour ses racines enfouies dans les ouvrages du théosophe français Saint-Martin (1743-1803) et dans la franc-maçonnerie spiritualiste. Nous croyons que ces idées lui ont été transmises, d'abord par l'intermédiaire des convents européens de Wilhelmsbad (1782) et de Paris (1785-1787) et ensuite, durant les années 1800-1820, par l'influence de Saint-Martin, devenu disciple de Böhme (1575-1624), sur les écrivains, théosophes, savants et philosophes de la Nature germaniques.
Nous rendons compte aussi des controverses suscitées en Allemagne par la parution des deux ouvrages fondamentaux d'Hahnemann, et des polémiques que l'homéopathie suscita en France à partir de son introduction qui fut effective en 1832.
Notre description de la théorie d'Hahnemann de l'étiologie du choléra en 1831, et celle des maladies miasmatiques aiguës et chroniques dans la seconde édition de son Traité des maladies chroniques comme dues à des parasites minuscules et vivants (1835), montrent qu'il a pressenti, avant beaucoup de médecins français, la théorie microbienne, et nous semblent témoigner qu'une doctrine spiritualiste ou semi-philosophique peut conduire à l'émergence d'une nouvelle théorie scientifique.
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