Le livre débute par un exposé volontairement accessible des concepts neuroscientifiques indispensables à la compréhension du sujet. Ceci permet d'entrer ensuite dans la réflexion sur la nature de la conscience et ses rapports avec le cerveau. L'accent est mis sur l'importance des systèmes cérébraux des émotions primaires, qui expriment les besoins biologiques fondamentaux issus du passé évolutif de notre espèce. Le lien est fait par la suite avec le développement des différents systèmes de mémoire, les mécanismes du sommeil et des rêves, les influences comparées de la nature (génétique) et de la culture (environnement) sur le fonctionnement du cerveau et sur la pensée, ou encore les différences entre les hémisphères cérébraux droit et gauche et les malentendus qui circulent à ce sujet. Enfin, l'ouvrage cherche à traduire en termes neuroscientifiques ce que font les psychothérapeutes et donc à faire cohabiter la théorie de la pratique psychanalytique et les sciences naturelles. Il s'agit d'introduire le champ de la neuropsychanalyse, une « neuropsychologie des profondeurs » qui, pour citer un ancien lauréat du prix Nobel de médecine, tente de façon interdisciplinaire de « forger un nouveau cadre conceptuel pour la psychiatrie du XXIe siècle ».
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