Les peuplements de chauves-souris en forêt primaire sont caractérisés par une grande diversité et une grande richesse spécifique mais par des abondances globales et spécifiques assez faibles. La déforestation entraîne une diminution du nombre d'espèces, essentiellement des Phyllostomidae endémiques des grands blocs forestiers, et une augmentation du nombre d'individus de quelques espèces opportunistes, notamment des frugivores appartenant aux genres Artibeus et Carollia. La présence d'une ouverture dans le massif forestier peut modifier les communautés de chauves-souris au moins jusqu'à 3 km des lisières. Les chauves-souris interagissent avec un grand nombre d'espèces végétales et participent largement au fonctionnement des écosystèmes tropicaux grâce à la pollinisation et à la dispersion des graines. En conséquence, des changements dans les communautés de chauves-souris peuvent entraîner à leur tour des modifications dans la composition et la distribution des plantes et donc affecter l'équilibre et la dynamique de l'écosystème.
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